韦小宝（梁朝伟）为人刁钻聪敏，因义气帮助天地会人打退清兵后，他于稀里胡涂中接受天地会命令进宫“成了”太监。结识少年皇帝康熙（刘德华）时，不识对方身份的韦小宝与之不打不相交结成莫逆之友，并因在得知其身份后协助他铲除奸臣成为宫中红人。韦小宝无意知晓太后是神龙教人所假扮，目的是盗取藏有清朝秘密的四十二章经后，上报康熙，在他的帮助下，康熙救出被囚禁长达十多年的太后，其后韦小宝巧设妙计令顺治与康熙父子团聚，又挑拨神龙教人自相残杀，令康熙对他更加器重，然而他天地会人的身份终没瞒过康熙双眼。此外，周旋于先后爱上的建宁、双儿等七个女人之间，也令韦小宝觉得日子没那么好混。
小宝欲向康熙施展激将法使他回心转意，怎料二人言语间竟反目成仇，康熙一怒之下将小宝重打后收监。 正当众兵置妥火炮天地会之际，康熙突改变主意，使众大臣大失所望，太后闻讯对他严加责行，劝他应以大清律法为重…
小宝周施天地会与康熙间，一时进退两难，欲向康熙奏章辞官返扬州，康熙无可奈何，天地会为威逼小宝充当舵主一职，故意将克块掳走，交罪状嫁祸在小宝身上，康熙威协小宝交出克块。原来天地会中人竟在严刑逼供下，错手…
